Souillac ist eine der ältesten Städte im Haut-Quercy. Charakteristische Werkzeuge aus dem Moustérien (Kulturstufe der Altsteinzeit) bezeugen, dass sich bereits in prähistorischer Zeit Menschen am Ufer der Borrèze niedergelassen haben.
Der Legende nach wurde das erste Benediktiner-Kloster um das Jahr 655 vom Minister des Königs Dagobert I., dem heiligen Eligius (Saint-Eloi), gegründet. Nachdem das Kloster im Jahre 732 von den Arabern zerstört worden war, wurde es unter Karl dem Großen wieder aufgebaut, dann jedoch wieder durch die Normannen im Jahre 848 zerstört. Allerdings kann kein vertrauenswürdiges Dokument diese Legende sicher bestätigen.
Im Jahre 909 übertrug der Abt von Aurillac, der heilige Gerald, zunächst einen Teil Souillacs den Mönchen von Aurillac, später, im Jahre 930, dann ganz Souillac. Die Mönche von Aurillac erbauten an dieser vorteilhaft am Zusammenfluss von Dordogne und Borrèze gelegenen Stelle eine cella ("Nebenkloster").
Ab dem Jahre 962 war Géraud de Saint-Céré für die Güter dieses Klosters verantwortlich, welche sich zwischenzeitlich durch weitere Schenkungen vermehrt hatten.
Souillac gedieh vor allem dank des Klosters. Den Opfern der normannischen Angriffe im 9. Jh. erlaubte man, sich in Souillac niederzulassen. In der Umgebung entwickelte sich recht schnell der Weizen- und Weinanbau.
Ab dem 11. Jh. wurde das Kloster Sainte-Marie immer wichtiger, so dass die Gebäude des Klosters ausgebaut wurden.
Seit Anfang des 12. Jh. war Souillac eine reiche Lehnsstadt und war entsprechend angesehen. Im Schatten der fünf befestigten Stadttore arbeiteten viele Handwerker und Händler. Am Ufer der Dordogne wurden die Schiffsladungen gelöscht.
Die Bourgeoisie übte Verwaltungsfunktionen aus, welche mit der Zeit immer wichtiger wurden. Es störte sich an der Autorität des Doyen (Dekan). 1225 übernahm die Gemeindepartei (der Bourgeois) die Macht und ließ ein Siegel herstellen, um ihre Autorität zu bekunden. Von da an gab es zwei wichtige Kräfte in Souillac: die Gemeinde und das Kloster. Letzteres wurde von der Mehrheit der Einwohner Souillacs unterstützt.
Im Jahre 1351 wurde Souillac von der Engländern eingenommen. So konnten diese die Durchfahrt über die Dordogne schließen und die Ländereien des Vicomte von Turenne verwüsten. Gänzlich wurden die Engländer erst wieder im Jahre 1360 nach dem Vertrag von Brétigny vertrieben.
Souillac wurde in der Folgezeit von zahlreichen Kriegen und der schwarzen Pest heimgesucht. Die Wiederbevölkerung Souillacs wurde von Guy d'Orniac initiiert.
Im Jahre 1562 wurde Souillac von den Protestanten eingenommen und geplündert.
Im 16. Jh. wurde aus dem Kloster eine Abtei. Eine Poststelle wurde eingerichtet. Die Stadt leistete Heinrich IV. den Treue-Eid.
Als letzte Etappe der flussaufwärts fahrenden Schifffahrt wurde Souillac von vielen Händlern aufgesucht.
Unter dem "Ancien Régime" (bes. das bourbonische Frankreich vor 1789) erhielt Souillac seine befestigten Stadtmauern. Die Einkünfte aus der Landwirtschaft waren bedeutend. Man konnte alle Arten von Anpflanzungen antreffen: Apfel-, Kirsch-, Pflaumen-, Birnen-, Pfirsich-, Aprikosen- und Mandelbäume. Man kultivierte damals auch schon Pflanzen zur Herstellung von Textilien und ab 1660 wurde Tabak angebaut.
Jede Familie produzierte ihr eigenes Brot. In der Schmiede stellten Arbeiter Kessel und Töpfe her. Zu dieser Zeit zählte man 13 Mühlen an der Borrèze.
Durch die Revolution von 1789 wurde Souillac Kantons Hauptstadt. Die Benediktinermönche verließen die Stadt. Die Abtei und ihre Besitztümer wurden verkauft. Die Klosterkirche gehörte nun der Pfarrgemeinde. Am 31.1.1790 wurden die ersten Wahlen zum Stadtparlament abgehalten.
1804 wurde außerhalb der Stadt ein Friedhof errichtet. Über die Dordogne wurde eine Brücke gebaut, die die Reise von Toulouse nach Paris natürlich vereinfachte. Souillac besaß nun ein Handelsgericht, eine höhere Schule (Internat), einen "Orden der Brüder und Schwestern der christlichen Schulen" und eine Gendarmerie.
Anfang des 20. Jh. wurden die Weinstöcke wie vielerorts in Frankreich durch die Reblaus zerstört.
Der Hafen von Souillac wurde aufgrund mangelnder Betriebsamkeit im Laufe des 20. Jh. geschlossen.